Sekretaris adalah lembaga yang bertugas dan bertanggungjawab terhadap data, korespondensi dan informasi. Lembaga setingkat bidang ini membawahi tiga seksi, yaitu:
- Seksi Umum, yaitu lembaga yang berada di bawah Sekretaris Umum yang bertugas dan bertanggungjawab terhadap data, dokumentasi, kehumasan dan keprotokolan Pesantren.
- Seksi Pengembangan Sumber Daya Manusia (PSDM), yaitu lembaga yang berada di bawah Sekretaris Umum yang bertugas dan bertanggungjawab terhadap perencanaan, pelaksanaan, pengawasan dan pengembangan Sumber Daya Manusia di Pesantren.
- Seksi Rumah Tangga dan Inventaris, yaitu lembaga yang berada di bawah Sekretaris Umum yang bertugas dan bertanggungjawab terhadap pendataan seluruh inventaris dan kekayaan Pesantren.